1519 war der spanische König Karl, Enkel seines Habsburger Vorgängers Maximilian, zum Kaiser gewählt worden. Er regierte das Reich bis zu seinem in der Reichsgeschichte einmaligen Rücktritt 1555, im gleichen Jahr, in dem mit dem Augsburger Religionsfrieden ein vorläufiger Abschluss der Glaubensstreitigkeiten gefunden wurde. „In seinem Reich ging die Sonne nicht unter“, denn seine Herrschaftsgebiete erstreckten sich außer über das Reich auf die Niederlande, Teile Italiens, Spanien und dessen Kolonien im neuentdeckten Amerika. Wie alle Herrscher verfolgte er das Ziel einer Stärkung und Ausweitung seiner Hausmacht, aber als Kaiser war ihm stets sein Auftrag des Schutzes der Christenheit, des Erhalts ihrer Einheit, der Abwehr der Ungläubigen und der Verantwortung für die Reform der Kirche bewusst. Sein Großkanzler mahnte ihn: „Eure Angelegenheiten sind die der ganzen Christenheit und gewissermaßen der ganzen Welt“.
Bei der Betrachtung der Reformationsgeschichte wird häufig außer Acht gelassen, dass Konflikte mit Nachbarmächten, Probleme der Neugestaltung des Reichs, die Reichsfinanzen und Fragen der wirtschaftspolitischen Ordnung im Bewusstsein der Reichsstände und auf den Reichstagen eine ebenso große Rolle wie der Streit um den rechten Glauben spielten. So hatte der Kaiser Kriege mit Frankreich 1521-26, 1526-29, 1536-38, 1542-44 und gegen die Türken 1526 und 1529-33 zu führen. Selbst die Päpste verbündeten sich wegen ihrer eigenen Territorialinteressen in Italien immer wieder mit Frankreich gegen den Kaiser. Der Kaiser konnte nicht absolutistisch regieren, sondern war stets auf die Unterstützung der Reichsstände angewiesen, insbes. bei der Finanzierung der Reichskriege. Die Fürsten wiederum, auch die katholisch gebliebenen, suchten wiederum jegliche Machtsteigerung des Kaisers zu verhindern. Die Zeit der Reformation war auch eine Zeit der Reichsreform, in dem das Verhältnis zwischen Kaiser und Ständen neu austariert wurde. Viele Jahre hielt sich der Kaiser in Spanien auf, in dieser Zeit vertrat ihn sein Bruder Ferdinand als Statthalter in Deutschland, war aber immer auf die Zustimmung Karls angewiesen. Die Religionspolitik des Kaisers pendelte beständig zwischen Beschlüssen über ein energisches Vorgehen gegen die Reformation und Rückziehern, weil er die Unterstützung auch der evangelisch gewordenen Fürsten in seinen Kriegen brauchte.
Oberschwaben war im Reich die Ausnahme: es gab hier keine großen Fürstentümer, die politische Landkarte sei ein Fleckerlteppich, würde zu dieser Zeit die Verhältnisse noch zu sehr vereinfachen. All diese kleinen Herrschaften waren erst noch auf dem Weg zu Flächenherrschaften, zu klareren Grenzen. Ihre Rechte setzten sich zusammen aus einem jeweiligen Bündel von Grund-, Leib-, Gerichts-, Zehntherrschaften und Patronaten, die sich vielfach überlagerten. Je etwa 30 % Oberschwabens teilten sich adlige, geistliche und österreichische Herrschaften, weniger als 20 % die Reichsstädte. Alle stritten sich untereinander um die Abgrenzung ihrer Rechte. Habsburg stellte den Kaiser, der die Existenz dieser entstehenden Kleinstaaten garantiert, als österreichische Landesherrschaft beanspruchte es aber auch eine Oberherrschaft über all seine Nachbarn. In diesen Kleinterritorien kollidierten die Versuche, die Herrschaft zu konzentrieren und auszubauen mit dem Widerstand der Gemeinden und Untertanen gegen Einschränkung ihrer kommunalen Rechte. In den größeren Reichsstädten öffneten sich die Schere weiter zwischen reichen Kaufleuten und den von ihnen abhängigen für den Export arbeitenden Webern. Das städtische Handwerk wiederum wehrte sich gegen die ländliche Konkurrenz.