Abgesehen von den reichsstädtischen Inseln, ihren Landgebieten mit voller Landesherrschaft und wenigen altwürttembergischen Orten blieb Oberschwaben in der Fläche beim alten Glauben. Die Reichsstandschaft der kleinen Territorien des Adels und der Prälaten war stets gefährdet. Um ihrer Selbsterhaltung willen waren sie auf den Schutz des Kaisers angewiesen und zogen keinen konfessionellen Sonderweg in Betracht, schon allein, um Habsburg in seiner Doppelrolle als in Oberschwaben konkurrierende Landesherrschaft keinen Grund zum Eingreifen zu geben.
Bis 1534 hatte der Schwäbische Bund Schutz geboten, der wegen der Spaltung in Glaubensparteien und Interessengegensätzen der Mitglieder nicht mehr verlängert wurde. In der Glaubensfrage konnten die kleinen altgläubigen Herrschaften Oberschwabens vom Kaiser wegen dessen taktischer Rücksichten auf die Fürsten keine Unterstützung erwarten. Schon zuvor und mehrfach danach verbündeten sich deshalb diese Herrschaften zum Erhalt ihrer Religion.1524 hatten auf einem Tag zu Leutkirch die Bischöfe von Konstanz und Augsburg, der Fürstabt von Kempten, die Grafen von Montfort, die Truchsessen von Waldburg und die Städte Isny und Wangen vereinbart, auf Einhaltung der kaiserlichen Mandate zu dringen. 1529 scheiterten Verhandlungen, aber 1531 schlossen Grafen, Herren und Ritter in Überlingen wohl als Antwort auf die Bildung des Schmalkaldischen Bundes ein allerdings nur auf ein Jahr befristetes Bündnis zur Abwehr von Versuchen, sie „von dem alten wahren christlichen Glauben zu drängen und deshalb zu vergewaltigen“, auch gegen Untertanen, die sich gegen ihre Obrigkeit erheben. Auf Initiative des Grafen Friedrich von Fürstenberg gingen nach Ende des Schwäbischen Bundes 1534 in Meßkirch die Grafen und Herren Oberschwabens ein Bündnis auf drei Jahre ein, um sicher zu stellen ,dass sie bei ihrem „alten, wahren Glauben, desgleichen bei Frieden und Recht bleiben, auch die Untertanen im Gehorsam behalten“ können. 1535 lehnten die Grafen, Herren und Ritter den Beitritt zu einem vom Kaiser erwünschten Bund als Fortsetzung des weiträumigen Schwäbischen Bundes ab. Statt dessen vereinten sich die Prälaten, Grafen, Herren und Ritter in Überlingen auf zwei Jahre zu einer kleinräumigeren „freundlich nachbarlichen Gesellschaft“, um „bei unserem althergebrachten wahren christlichen Glauben, der heiligen christlichen Kirche, derselben Ordnungen und Gebräuchen ruhig und gestört bleiben“ und die kaiserlichen Mandate durchzusetzen. An der Vorbesprechung hatten auch die Städte Pfullendorf, Ravensburg, Überlingen und Wangen teilgenommen, die dann aber dem Bund fernblieben.
Gegen die weitere Ausbreitung der Reformation schlossen sich 1538/39 katholische Reichsfürsten zum sog. Nürnberger Bund gegen den anfänglichen Widerstand des Kaisers zusammen. Mitglieder waren u.a. die Erzbischöfe von Mainz und Salzburg, der Herzog von Bayern, die Herzöge von Braunschweig-Lüneburg, widerstrebend Kaiser und König. Auf nachdrückliche Aufforderung durch den kaiserlichen Kommissar Graf Hugo von Montfort schlossen sich diesem Bund mächtiger Fürsten 1539 auch die oberschwäbischen Duodez-Herren bei: der Fürstabt von Kempten, das fürstliche Damenstift Buchau, die Klöster Baindt, Elchingen, Gutenzell, Heggbach, Irsee, Ochsenhausen, Rot, Salem, Weingarten, Weißenau, die Grafen von Fürstenberg, Lupfen, Montfort und Sulz, die Herren von Königsegg, viele Ritter und gegen finanzielle Zugeständnisse die Stadt Überlingen. Eine der ersten Maßnahmen des Bundes war, jeweils am Mittwoch-Abend nach dem Ave Maria ein Geläut anzuordnen, um die Menschen zu mahnen, zu Gott, Maria und allen Heiligen für die Mitglieder des Bundes zu beten, dass ihnen „Gnade, Weisheit, Kraft und Macht verliehen werde, zu regieren, zu beschützen und zu beschirmen Land, Leute, Witwen und Waisen“. Viel mehr ist von seiner Wirksamkeit nicht bekannt, wie auch von den früheren antireformatorischen Bündnissen. 1543 schlug deshalb der Graf von Fürstenberg Abt Blarer vor, den nutzlosten Bund wieder aufzulösen. Als der Kaiser dann 1546 endlich gegen die Protestanten vorging, führte er den Schmalkaldischen Krieg mit eigenen Truppen, deren Kosten er sich von den besiegten Ständen entgelten ließ. Einem erneuten Vorstoß des Kaisers, ein „beständiges, tapferes und ansehnliches Bündnis“ zu begründen, verweigerten sich 1553 die oberschwäbischen Stände auf einem Tag zu Memmingen.
Die herausragenden Führungspersönlichkeiten im katholischen Lager Oberschwabens waren der Abt von Weingarten Gerwig Blarer (1495-1567, Abt ab 1520) und Graf Hugo von Montfort. Blarer hatte „kein Bedürfnis nach und kein Verständnis für Reformen; der neue Geist erwies sich ihm nur schädlich.“ Er war „einer der lautesten Vorkämpfer des Alten“. Der Augsburger Kardinal Otto von Waldburg nannte ihn „eine standhafte Säule des katholischen Glaubens“. „Der Eifer hatte seine Wurzel im Konservatismus, nicht in der Askese.“ Als „Freund heiterer Geselligkeit, eines guten Trunkes, der Jagd und der Frauen“ hatte er für die Äußerung eines Briefpartners, dass „wir mit unserem Unfleiss und unordentlichen Leben nicht die wenigste Ursache dieses Aufstands im Reich gegeben haben“, nicht das geringste Verständnis. Selbst der päpstliche Nuntius konnte ihn nicht überzeugen, dass die Kirche reformiert werden müsse. Der Abt erwiderte ihm, „es würde ihm allzu hart fallen, wenn er noch in so hohem Alter seine Lebensgewohnheiten ändern sollte.“
Für den Kaiser war er war ein wichtiger Informant über die Vorgänge in Oberschwaben und vertrat energisch dessen Interessen gegenüber seinen geistlichen und adligen Standesgenossen. Als Wortführer der Prälaten war er ihm und Österreich „unentbehrlich, weil er den Zugang zu den Kassen der Klöster vermittelte“ (Günther). Der Kaiser wiederum beauftragte ihn mit der Eintreibung der Sühnegelder der schmalkaldischen Städte, der Einführung des Interims und der Rekatholisierung Oberschwabens 1547, was ihn über Schwaben hinaus bei den Protestanten in Verruf brachte. 1547 erhielt er als Belohnung für seinen Einsatz für den alten Glauben zusätzlich zu Weingarten auch die Abtswürde von Ochsenhausen.
Graf Hugo von Montfort (ca. 1500-1564) war an all den erwähnten Bündnisverhandlungen initiativ oder als kaiserlicher Kommissar maßgeblich beteiligt. Der Kaiser schätzte ihn „in Ansehung seiner schicklichen Vernunft und Erfahrung“ und weil er „bei den Grafen und Herren im schwäbischen Kreis in besonderem Anstehen steht“. Von 1534, vor allem ab 1538 bis etwa 1553, in Ausnahmefällen auch noch danach entsandte ihn der Kaiser als Kommissar und damit als seinen Vertreter immer wieder zu Reichstagen, zu Verhandlungen über Bündnisse und Unterstützungen oder zu Schlichtung in Streitfällen. Als Mitkommissare begleiten ihn häufig der mit ihm eng befreundete Abt Blarer, gelegentlich Graf Friedrich von Fürstenberg und Truchsess Wilhelm von Waldburg, womit sich das engere Netz der altgläubigen Wortführer in Oberschwaben und der kaiserlichen Klientel in dieser Region abzeichnet. Unter diesen Aufträgen ragen die Entgegennahme der Huldigung der Stadt Konstanz 1549 nach ihrer Einnahme durch die kaiserlichen Truppen und die Entsendung als kaiserlicher Orator zum Konzil von Trient 1551/52 hervor.
Der oberschwäbische Adel und die Prälaten hätten sich oft ein energischeres Vorgehen des Kaisers gegen die Protestanten gewünscht. Ein besonders radikaler Exponent dieser Position war Graf Felix von Werdenberg, der beim Reichstag zu Augsburg 1530 nicht ruhen wollte, „bis er zu Pferde bis an die Sporen in dem Blute der Lutheraner reiten könne.“ Er erstickte auf diesem Reichstag an seinem eigenen Blut.
Erwies sich die Bündnispolitik der altgläubigen oberschwäbischen Herrschaften als wenig effektiv, so suchten sie durch Strafmaßnahmen und Mandaten in ihren Territorien alle reformatorischen Regungen zu unterbinden, die wiederum belegen, dass es diese Regungen gab. Dass der Graf von Montfort den Prediger auf dem Feld vor Lindau an den Baum hängen ließ, mag eher an der Furcht vor einem neuen Aufstand gelegen haben. Kurz nach dem Bauernkrieg bedrohte er die Ungehorsamen mit Strafen an Leib und Leben, sicherte aber denen seinen Schutz zu, die sich wieder der alten Religion zuwandten. Dieses Mandat wurde mehrfach wieder verkündet, hinderte aber zunächst nicht, dass 1532 noch viele dagegen verstießen. 1563 wurde im Wirtshaus in Nonnenbach ein Bauer gehänselt, weil er eine Wallfahrt nach Einsiedeln unternommen hatte. Bei den Spöttern wurden lutherische und zwinglianische Schriften gefunden. Sie wurden verurteilt, selbst nach Einsiedeln zu wallfahren. Auf der anderen Seite hatte der Graf keine Skrupel zusammen mit dem Lindauer Reformator Thomas Gassner als Pate bei der Taufe der Tochter des reformierten montfortischen Leibarztes in Lindau zu fungieren.
1574 wollte Graf Ulrich eine Landesordnung für seine Grafschaft erlassen, in der er erstmals Regelungen für alle Lebensbereiche zusammenfasste. Das entsprach einem Zug der Zeit und er benutzte eine Vorlage der Fürstabtei Kempten. Die Ordnung beginnt mit Kapiteln zum Gottesdienst, zu den Sonn- und Feiertagen, zum Fasten, den kirchlichen Pflichten der Geistlichen und Laien und einem Verbot des Fluchens. Begründet werden diese Vorschriften einer katholischen Lebensführung damit, dass es in der Grafschaft immer noch protestantisch gesinnte Untertanen gab, die so „lau und seellos“ seien, dass sie die „heiligen Sakramente der Taufe, Firmung, Beichte, Buße, Kommunion“ nicht empfangen zu „ihrer eigenen Seele Unheil“, aber auch zu „bösem Beispiel, Ärgernis und Verführung“ anderer. Statt dessen besuchten sie heimliche „Winkelpredigten“. Wer in Zukunft an Winkelpredigten teilnimmt oder protestantischen Predigern Unterkunft gewährt, soll Haus und Hof verlieren. An Sonntagen und den vielen Feiertagen hätten sich die Untertanen nach dem Läuten „in die Kirche zu verfügen, dort der hl. Messe und Gottes Wort fleißig und andächtig bis zum Ende“ anzuwohnen.
Diese Maßnahmen mussten nicht aus einer persönlichen Gläubigkeit der Grafen resultieren, sie waren die Konsequenzen einer kaisertreuen Politik und dem Ziel eines auch in Glaubensfragen einheitlichen Untertanenstandes. Selbst scheint der Graf die Religion nicht so ernst genommen zu haben. 1529 äußert er, von den Gaben der drei Könige sei er „am meisten am Gold interessiert, habe ich lieber als Weihrauch“. Als kaiserlicher Vertreter beim Konzil von Trient klagt er dem Abt von Weingarten: er müsse „viel gutes Geschwätz hören. Hab in vielen Jahren keine Predigt gehört, das muss ich jetzt abbüßen.“ Die Notwendigkeit kirchlicher Reformen sah er nicht. Gegen die von der Konstanzer Synode geforderte Abschaffung der Konkubinen wandte er ein, es gebe für ländliche Geistliche Sachzwänge. Es sei besser, die Priester „nicht ohne Mägde hausen“ zu lassen, als sie in die „Hurerei“ zu treiben.
Die Bischöfe von Konstanz konnten das Reformationsgeschehen kaum beeinflussen, ihnen fehlten auch die Machtmittel. Die vor das geistliche Gericht in Konstanz zitierten Prädikanten blieben einfach fern, weil sie sich von ihren Obrigkeiten geschützt wussten, nur wenn katholische Herrschaften sie auslieferten, kam es zum Prozess und wie bei dem Priester Johannes Hüglin zur Hinrichtung. Selbst in seiner Stadt Markdorf fürchtete der Bischof noch 1559 reformatorische Regungen der Bürger, ja gar den Verlust der Stadt. Die Bischöfe und ihr Generalvikar Fabri boten der reformatorischen Kritik mit ihrem Lebenswandel und ihrer Pfründenjägerei genug Angriffspunkte. Johannes von Lupfen verzichtete 1537 lieber auf seine Bischofswürde, als die höheren Weihen zu empfangen. Die Kardinäle Mark Sitich von Hohenems (1561-15489) und Andreas von Österreich (1589-1600) weilten beide nur kurz in ihrem Bistum, Hohenems residierte lieber in Rom und baute dort seine Paläste, Österreich hielt in Ensisheim als Statthalter der vorder- und oberösterreichischen Lande Hof. Der Kardinal von Österreich wurde nie zum Priester geweiht. Hohenems begründete über seinen Sohn eine eigene Familiendynastie, das Haus Altemps, Österreich hinterließ zwei illegitime Kinder.