Auch in schließlich katholisch gebliebenen Reichsstädten gab es zeitweise durchaus reformatorische Neigungen. So entließ in Buchhorn der Abt Blarer den dortigen Priester aus diesem Grund.
In Wangen beklagte man 1530 noch den „schlimmen lutheranischen und den allerschlimmsten zwinglianischen Schrecken“. Aber schon ein Jahr später lehnten die altgläubigen Orte der Eidgenossenschaft eine Vermittlung der Stadt Wangen wegen deren „neuen Glaubens“ ab. Im Schmalkaldischen und im Fürsten-Krieg betonte der Rat, er sei allemal dem Kaiser treu geblieben, doch scheint 1547 eine Minderheit vom Kaiser „abgefallen“ zu sein und im Fürstenkrieg 1552 forderten einige Aufrührer der Weberzunft einen Prädikanten, der ihnen das Evangelium nach dem Beispiel von Ravensburg und Isny auslege. Mit der Bestrafung der Rädelsführer kehrte in der Stadt zunächst wieder Ruhe ein. Aber 1554 galt der Prädikant zu Wangen „de lutheranismo valde suspectus“, der predige, „dass man die katholische Messe abstellen und allein auf seine Predigt als dem rechten Gottes Wort hören“ solle. Möglicherweise ist es der Tettnanger Prädikant, über den sich Gerwig Blarer 1533 beschwerte. Wenn Blarer saget, es gebe „noch viele Katholiken zu Wangen“, muss es dort eine Minderheit von evangelischen Bürgern gegeben haben.
In Überlingen erstickte der Rat alle Regungen schon im Keim. Nur Buchau und Pfullendorf blieben von der „pestilenzischen Lehre“ völlig unberührt.
Den Truchsessen von Waldburg bereiteten ihre Donaustädte immer wieder Probleme. In Waldsee kam es am Weißen Sonntag gar zu einem Umsturzversuch. Fremde und Bürger planten die neue Lehre durch einen Biberacher Prediger verkünden zu lassen. Darauf entsandte der Truchseß 30-40 Reiter in die Stadt. Bei den Auseinandersetzungen zwischen Anhängern der alten und der neuen Lehre wurde alle Reiter samt ihren Pferden niedergemacht. Erst als 700 Mann Fußvolk die Stadt besetzten, gelang es die Unruhen zu beenden. In Munderkingen hielten sich über Jahrzehnte Anhänger der Reformation, noch 1549 boykottierten Honoratioren die Messe. 1547 erschien gar ein eigenes Munderkinger Gesangbuch im Druck.
Auch auf dem Land verhinderten die Verbote der Herrschaften nicht, dass sich weiterhin da und dort reformatorische Sympathien regten. Um 1530 „lasen allenthalben die Allgäuer Bauern die Schriften der Reformatoren“ (Baumann). Noch 1597 ließ der Freiherr von Königsegg in der Grafschaft Rothenfels 280 verbotene Bücher bei seinen Untertanen beschlagnahmen.
Anders als die Untertanen waren die Klöster kaum für die reformatorische Bewegung anfällig. Klosteraustritte hielten sich in Grenzen: von den Benediktinern in Ochsenhausen drei, im Augustinerchorherrenstift Waldsee 1546 ebenso viele, im Prämonstratenserstift Weißenau ein Chorherr, eine Stiftsdame in Lindau ehelichte spektakulär den Prediger der Stadt. Bei den Bettelorden engagierten sich die Lesemeister in Lindau und Überlingen für die Reformation. Nur das Kloster der Franziskaner in Lindau, der Augustiner-Eremiten (Luthers Orden) in Konstanz und Uttenweiler sowie der Augustinerinnen in Memmingen lösten sich durch Austritte selbst auf (Uttenweiler konnte der Orden 1572 wieder besetzen). In ihre von den Stadtobrigkeiten aufgelösten Konvente, 1531 in Konstanz aller Orden, in Memmingen der Augustiner-Eremiten, des Heilig-Geist-Ordens und der Franziskanerinnen, in Ravensburg 1544 der Karmeliter konnten ihre Bewohner/innen nach dem Interim 1548/49, in Konstanz 1551 und 1556 wieder zurückkehren.