Die Organe der Bauern, Obristen, Hauptleute, Räte wachsen während der Erhebung in neue Funktionen hinein. Mit ihnen beginnt ein Typus von Organen, die in jeder Revolution und bei Systemwechseln 1525, 1789, 1848, 1918, 1945, 1989 unter den verschiedensten Bezeichnungen auftreten: Ausschüsse, Komitees, Räte, und deren Oberbegriff Räte heute missverständlich klingt. Räte können als Interessenvertretung, Kampforgane, Selbstverwaltungsorgane einer durchzusetzenden neuen Ordnung und als Kontrollorgane fungieren. Als Interessenvertretung agitieren die Vertreter der Bauern in der Phase der Verhandlungen. Als Kampforgane haben sie die militärische Auseinandersetzung mit den Herrschaften vorzubereiten und zu organisieren. Ein Gutteil der Regelungen in der Bundes- und Landesordnung sind der Lagerordung, dem Alarmsystem, der Kommandostruktur und der Beuteverteilung gewidmet. Die Benennung der wichtigsten Organisationsebene, der Haufen, stammt aus dem militärischen Vokabular der Landsknechtstruppen. Als Selbstverwaltungsorgane handeln die Führer bereits, wenn sie in diesen Ordnungen die Erhaltung des Landfriedens, die Zahlung der Abgaben, die Rechtsprechung, die Besetzung der Pfarreien, die Entmachtung des Adels und der Klöster regeln. Als Kontrollorgane, die die Einhaltung des Weingartner Vertrages überwachen, wirken die Ausschüsse des Seehaufens bis in den Sommer hinein.