Die Eingriffe des Staates in das innere Gefüge des Ordens und der Konvente begannen 1748 in Mähren. Die dortige Regierung forderte allen Klöstern Berichte über die rechtlichen Grundlagen, die personellen und wirtschaftlichen Verhältnisse ab. Man fürchtete, diese Untersuchungen würden sich auch auf Böhmen ausweiten. 1765 beschränkte das mährische Gubernium den Konvent in Mährisch Kromau auf eine Höchstzahl von 15 Professen, eine Eingabe des Priors in Wien um Erhöhung um zwei Personen wurde abgelehnt. 1770 setzte die Folge staatskirchlicher Edikte ein, die das Ordensleben in den habsburgischen Ländern immer mehr reglementierten und einschränkten. Ab diesem Jahr hatten alle Klöster ihre Jahresrechnungen einzureichen, Ausländer durften keine Leitungsfunktionen mehr übernehmen und nicht mehr zu Priestern geweiht werden. Ab 1773 bedurfte jeder Ordenseintritt der staatlichen Genehmigung und durfte kein Religiose mehr die Profess vor dem 24. Lebensjahr ablegen. In Ranna mussten deshalb sechs Kleriker entlassen werden, die das vorgeschriebene Professalter noch nicht erreicht hatten. Von der Aufhebung des Jesuitenordens profitierten die Pauliner zunächst, in Wiener Neustadt konnte der Konvent 1775 in das sehr viel repräsentativere, freigewordene Kollegiumsgebäude „cum pretioso ecclesiae apparatu“ umsiedeln.151
Nach dem Tod Maria Theresias und mit dem Regierungsantritt Josephs II. als Herrscher über die habsburgischen Länder nahmen die Eingriffe Existenz bedrohende Formen an. Das Dekret 1781, das alle Verbindungen zu Ordensleitungen außerhalb der habsburgischen Gebiete verbot, betraf die Pauliner nicht, deren Generalprior ja in Maria Tal bei Pressburg residierte. Ein Generalkapitel einzuberufen, war allerdings auch den Paulinern nicht mehr möglich, ihr letztes fand 1778 statt. Da man zunächst nur mit der Aufhebung der beschaulichen Orden rechnete, wiesen die Pauliner darauf hin, sie seien kein Eremiten-, sondern ein Mönchsorden, der in der Seelsorge tätig sei. Es nützte ihnen nichts, „ad radicem etiam palma Paulina proprius accessum est.“152Kurz nach dem letzten Provinzkapitel 1783 der österreichischen Provinz wurden die Klöster Hernals, Ranna und Wiener Neustadt zusammen mit mehreren istrischen Konventen aufgehoben. Formell bestand die Provinz noch mit den drei Konventen Maria Trost, Mährisch Kromau und Oboriste weiter, der Vizeprovinzial Aloysius Arbesser rückte als „vicarius gubernans“ in die Leitungsfunktion auf. Aber nun zeigten sich Auflösungserscheinungen. Mönche in Mährisch Kromau, die ihren Konvent auch von der Aufhebung bedroht sahen, zeigten den Generalprior bei der mährischen Regierung in Brünn an, er hätte seinen Pastoralbrief ohne staatliche Genehmigung an die Konvente versandt. Da dies nicht zutraf, stellte die Regierung selbst die Disziplin nochmals her und verurteilte die „malevolos accusatores ad rogendam ab offenso superiore veniam … et ad observantiam exactam debitamque subordinationem graviter et districtive commonuit“.153Die zentralistische Ordensverfassung grundlegend verändert hätte das kaiserliche Edikt von 1785, das die Wahl der Prioren durch den Konvent und des Provinzialpriors durch die Prioren vorschrieb, die Ämter der Definitoren und „discreti“ abschaffte und Visitationen nur noch mit staatlicher Genehmigung zuließ. Ein Jahr später, am 20. März 1786, folgte das kaiserliche Dekret, das den Paulinerorden und alle verbliebenen Konvente in den habsburgischen Ländern aufhob, „ex hoc unico … motivo, quia ita convenire, proprio sistemati Caesareo videbatur.“ Der Orden überlebte in Polen, dessen Provinz sich 1784 mit päpstlicher Zustimmung von der Ordensleitung eximiert hatte. Die Hoffnung des „secretarius generalis iam cassatus“ erfüllte sich, dass diese verbliebene Provinz „Deus in saecula ventura pro semine ampliandae familiae Paulinae conservet, multiplicet ac omni felicitate & benedictione coelesti adaugeat.“154Mit den Paulinerklöstern der österreichischen Provinz wurden 1786/87 auch die beiden größeren Konvente der schwäbischen Provinz aufgehoben, die ebenfalls in österreichischen Territorien lagen. Ohne Verbindung mit den polnischen Klöstern unter ihrem Generalvikar kam für die schwäbische Provinz, bestehend nur noch aus den drei kleineren Konventen und nunmehr unter der geistlichen Leitung des Bischofs von Konstanz, 1802 bzw. 1806 das Ende.
Vor der völligen Auflösung des Ordens in den habsburgischen Ländern war den Patres freigestellt worden, ob sie in weiter bestehende Klöster ihres Ordens überwechseln wollten, aber das blieb nur eine kurzfristige Möglichkeit. So hatten sie nur die Wahl, in die Pfarrseelsorge zu gehen oder von einer bescheidenen Pension zu leben. In Hernals wurden die Pfarrrechte von der baufälligen bisherigen Pfarrkirche auf die bisherige Klosterkirche übertragen und die alte Pfarrkirche abgerissen. Im Konventsgebäude richtete der Staat ein Erziehungsinstitut für Offizierstöchter ein, heute ist dort nach Erweiterungen des 19. Jahrhunderts eine Bundesfachschule untergebracht. In Ranna wurde 1785 zunächst eine Lokalkaplanei errichtet, aber schon 1797 wieder aufgehoben, weil die Pfarrkirche Niederranna für die Seelsorge genüge. Nach mehreren Besitzwechseln begann 1829/30 der Abriss großer Teile des Klosters. Nach dem Auszug der Pauliner aus ihrem Kloster in Wiener Neustadt wurden die Bauten als Kaserne des Hoch- und Deutschmeister-Regiments adaptiert und im zweiten Weltkrieg zerstört. Das vorige Jesuitenkolleg, das die Pauliner 1775 bezogen, wurde nach 1783 als Fabrikgebäude genutzt und ist nach weiteren Umbauten heute ein Wohn- und Geschäftshaus. Maria Trost wurde 1786 für neun Ortschaften zum Sitz einer neuen Pfarrei, wo zu Beginn vier ehemalige Paulinerpatres als Pfarrer und Kapläne wirkten. Die Klostergebäude fanden eine Nutzung als Pfarrhaus und Gastwirtschaft. Von 1846 bis 1996 betreuten Franziskanerpatres die Wallfahrt. Im Mährisch Kromau diente die ehemalige Klosterkirche als Filialkapelle bis 1945 für die deutschsprachige Bevölkerung. Im Konventsgebäude wurde eine Fabrik eingerichtet, im zweiten Weltkrieg wurde der Bau zerstört und, um ein zweites Stockwerk erhöht, vor kurzem in den alten Formen als städtisches Rathaus wieder aufgebaut. Auch Oboriste wird bis heute als Filialkirche genutzt. 1902 bis 1950 wirkten dort Redemptoristen. Die Konventsgebäude dienten zeitweise als Schule, Essigfabrik und Wohnungen, heute beherbergen sie ein Jugendgefängnis.
Die Bibliotheken der drei 1783 aufgehobenen Klöster gelangten in die Wiener Universitätsbibliothek, die Doubletten wurden dem Generalseminar in Wien angeboten, der Rest versteigert. Auf welchem Weg auch immer befinden sich Handschriften und Inkunabeln aus Ranna heute in der Klosterbibliothek Göttweig. Die Bibliothek von Mährisch Kromau kam in die Studienbibliothek in Olmütz, nach deren Aufzeichnungen sie enthielt: 19 Antiquitäten, 184 Brauchbare, 855 Wust, zusammen 1058 Werke, die zum größten Teil an Altpapierhändler verkauft wurden.
Nur wenige Reste sind nach den Zerstörungen im zweiten Weltkrieg vom ehemaligen Paulinerkloster und Sitz des Provinzialpriors in Wiener Neustadt geblieben. Ein eindrucksvolles Zeugnis dieses Konvents befindet sich im Wiener Stephansdom am Hochgrab von Kaiser Friedrich III. mit einem Relief, das an die Stiftung des Klosters durch diesen Kaiser erinnert.155In Ranna zeugen noch die Ruine der Klosterkirche, Teile des Konventsgebäudes und der wieder hergestellte Kalvarienberg von den Klosterzeiten. In Hernals haben sich Kalvarienberg, Kirche und Konventsgebäude nach Umbauten Ende des 19. Jahrhunderts und Bombenschäden 1945 in stark veränderten und erweiterten Formen erhalten. Mährisch Kromau (trotz Neubau des Konvents), Oboriste und Maria Trost vermitteln im Äußeren und großteils auch in der Kirchenausstattung noch heute ein Bild von Konventen österreichischer Paulinermönche, deren Wirken nicht aus inneren Gründen, sondern in Folge der josefinischen Kirchenpolitik ein abruptes Ende bereitet wurde.