Im Zuge des Versuchs, den Provinzialverband wieder herzustellen, ordnet der Bischof eine Visitation der drei Klöster mit ihren zusammen nur noch 15 Mönchen durch den Konstanzer Chorherr Pfyffer von Altishofen109an. Von dieser wie von der folgenden bischöflichen Visitation 1802 liegen die einzigen eigentlichen Visitationsprotokolle vor mit den Aussagen jedes einzelnen Mönchs. Durch diese Protokolle erhalten wir differenziertere Einblicke in das Gemeinschaftsleben der Konvente als von allen Quellen über ordensinterne Visitationen vorher.
Die Visitation von 1789110ergibt ein zwiespältiges Bild. Im Kloster Bonndorf mit seinen zehn Professen, davon zwei noch vor der Priesterweihe, wird der „ordo in choro servatur“111, es wird das römische Brevier und das Officium parvum BMV gebetet. Die tägliche Meditation, die Tischlesungen, das Mittwochfasten werden eingehalten, die Schuldkapitel, regelmäßige Exhortationen und theologische Konferenzen finden statt, alle Konventualen nehmen an den Jahresexerzitien teil. Einzelne Patres bitten allerdings um Streichung des Officium parvum und um Dispens vom Mittwochsfasten. Die Klausur wird beachtet, das Schweigen aber kaum eingehalten. Der Besitz zu vieler Bücher durch einzelne Patres wird als Verstoß gegen das Armutsgebot gewertet.
Die jüngeren Mönche klagen über einen schlechten Unterricht im Noviziat. Da mehrere Mönche kein Dogmatik-Studium absolviert haben, können sie nur eingeschränkt in der Seelsorge verwendet werden. Hauptmißstand sind Konflikte und Fraktionsbildungen im Konvent, die sich vor allem an der pastoralen Frage entzünden, wie oft die Pfarrkinder die Heilige Kommunion empfangen und wie intensiv einzelne Frauen seelsorgerisch betreut werden sollen. Die Verfechter eines häufigen Kommunionempfangs lassen ihre Meinung „in hoc puncto a nemine limitari ..., sed esse immediate a Deo“112. Einem allzu eifrigen Konventsmitglied muß jeder Kontakt zu Frauen untersagt werden. Ein Pater ist erst vor kurzem ins Kloster zurückgekehrt, aus dem er 1781 entfloh. Ein anderer beklagt sich, er habe Ruhe und Frieden im Orden nie gefunden, er nehme eine innere Auflösung wahr, habe die Profeß nur aus Angst abgelegt und will deshalb zu den Benediktinern wechseln, was ihm ein Jahr später auch gewährt wird. Fast alle Patres betonen, sie hätten die Profeß auf die Provinz und nicht auf das einzelne Kloster abgelegt. Könne der Provinzialverband wegen des Widerstands Fürstenbergs nicht mehr hergestellt werden und seien „mutationes“ damit nicht mehr möglich, seien die Voraussetzungen ihrer Profeß entfallen. „Stabilitas“ lehnen sie ausdrücklich ab.
Gibt in Bonndorf immerhin das „officium divinum“ zu keinen Klagen Anlaß und werden die geistlichen Übungen im wesentlichen eingehalten, so kann in den Residenzen Grünwald mit drei und in Tannheim mit zwei Patres von einem Gemeinschaftsleben kaum mehr die Rede sein. Die Horen werden nicht mehr gemeinsam gebetet, am Mittwoch wird nicht gefastet, die einzige gemeinsame Übung scheint noch die Tischlesung zu sein. Klausur hat es hier noch nie gegeben, Frauen haben wieder zu Zellen Zutritt, beichten im Winter auch hier. In Grünwald wird die Situation zudem dadurch kompliziert, daß der Prior nur Oberer in spritualibus ist und ein anderer Pater von der fürstenbergischen Landesherrschaft mit der Verwaltung der Temporalia beauftragt ist. „Ordo regularis de facto et in hoc disturbio vix ullus observatur aut observari potest... interim quilibet agit, quod lubet“113.
In allen drei Konventen konkurrieren die pastoralen Aufgaben mit den monastischen Pflichten. In Bonndorf muß der Konvent die Pfarrkirche und zwei Filialkirchen betreuen, in Grünwald die entfernte Pfarrkirche Kappel, in Tannheim ist die Klosterkirche auch Filialkirche mit der vielbesuchten Wallfahrt zum Seligen Cuno.
Im Provinzkapitel im Anschluß an die Visitation wählen erstmals alle Professen den Provinzial, der gleichzeitig Prior in Bonndorf ist. Das Definitorium wird abgeschafft und durch den Beirat der beiden übrigen Prioren ersetzt. Die Beschlüsse können erst ein Jahr später realisiert werden, nachdem Fürstenberg seinen Widerstand gegen die Wiederherstellung der Provinz vorläufig aufgibt114und nach dem Tod Josefs II. sogar Hoffnung auf die Wiederbelebung zumindest des Klosters Langnau besteht.
Die zunehmende Verschuldung der Klöster in den Kriegen seit 1796 gibt Fürstenberg die Möglichkeit, den Druck auf seine beiden kleinen Paulinerklöster wieder zu verstärken. Es betreibt unter Hinweis auf die unhaltbare wirtschaftliche Lage mit Hilfe des Bischofs und gegen den Widerstand des Fürstabts von St. Blasien die Aufhebung zumindest eines der beiden Klöster115.
Zur Klärung der Situation in den Klöstern ordnet der Bischof wiederum eine Visitation an und bestellt den Bräunlinger Pfarrer Werner de Kreuth zu seinem Visitator116. Die Verhältnisse in den drei Paulinerklöstern mit noch vierzehn Patres, davon acht in Bonndorf, scheinen sich gegenüber 1789 trotz der Kriegszeit konsolidiert zu haben. Das Officium wird eingehalten, allerdings zeitlich konzentriert und später beginnend. Um sechs Uhr wird die Matutin gebetet, es folgen die Meditation und die Einzelmessen, um neun Uhr die Tageshoren und das Konventsamt, bei Tisch wird aus der Heiligen Schrift oder freitags aus der Regel vorgelesen, Vesper, Komplet und Meditation werden zusammen ab halb vier Uhr nachmittags begangen. Gebeichtet wird alle ein bis zwei Wochen, das Kapitel einigemale im Jahr gehalten. Die Exerzitien seien erstmal in diesem Jahr wegen des Kriegs ausgefallen. Klausur und Silentium werden „ziemlich wohl gehalten“117.
Der Prior und Provinzial entschuldigt sich, „daß teils die vorgewesten Kriegszeiten, teils auch und hauptsächlich der Zerfall der häuslichen Umstände vieles veranlaßt haben, welches die klösterliche Eingezogenheit unterbrochen“ hätten118. Im Konvent herrscht nun Frieden, nur die anderen Prioren sind mit dem Provinzial nicht zufrieden, weil er zu wenig auf „gute Ordnung und Subordination“119achte und gegenüber den jüngeren Patres zu nachgiebig sei, die lange Haare und Halstücher tragen.
Anders sieht es in den beiden kleinen Residenzen mit je drei Patres aus. Dort stehen sie in der Regel um fünf Uhr auf und feiern ab sieben Uhr im Stundenabstand ihre Heiligen Messen. Das Brevier betet jeder für sich. Ansonsten wird die Tagesordnung „nach Umständen des Orts und nach hergebrachter Gewohnheit beobachtet“120. Probleme gibt es noch in Tannheim, wo der bereits 1789 in Bonndorf gerügte Pater immer noch zu ungewöhnlichen Zeiten seine Frauenseelsorge betreibt. Der Schuldenstand übersteigt in beiden Residenzen das Einkommen um das Mehrfache, der Neubau des Klosters in Tannheim nach dem vernichtenden Brand von 1779 kann nicht fertiggestellt werden.
Zur vereinbarten Aufhebung von Grünwald und der Übersiedlung der dortigen Mönche nach Tannheim und zur Übernahme einiger Bonndorfer Patres durch St. Blasien zur finanziellen Entlastung kommt es nicht mehr. Ende 1802 löst die fürstenbergische Regierung Kloster Tannheim und 1803 das Kloster Grünwald auf, 1807 verfügt die badische Regierung das Ende des Klosters Bonndorf121. Für fast zwei Jahrhunderte erlosch das paulinische Ordensleben in Schwaben.